Maintenant :
Solutions open source, gratuites, qui couvrent l’ensemble de la chaîne de traitement de l’information, univers de programmation.
Maintenant (et depuis peu)
Mise à jour de ce graphique en intégrant les dimensions Python, Js > plus forcément chaînes de traitement.
Pb : comment documenter et partager ses traitements ?
- Création de bcp de scripts.
- Compréhensible par soi (et encore, avec le temps)…
- Transmettre, mettre à jour…
Recherche reproductible
Ouverture des protocoles de recherche dans l’objectif de confirmer et rendre répétable des résultats de recherche (Claerbout, 1992).
- Disponibilité des données et du code, exécutable.
- Documentation de l’environnement logiciel nécessaire à son exécution.
- Transparence dans la collecte de données, ses traitements, analyses et sorties graphiques.
- Réutilisable par d’autres : documentation du code, de ce qu’il produit et dans quel but.
- Ouvert aux retours, commentaires, suggestions, critiques, révisions.
Programmation lettrée & notebooks
Paradigme de programmation (Knuth, 1984) qui consiste à associer code source (pour les ordinateurs) et documentation (pour les humains).
- Donner les informations suffisantes pour répliquer l’expérimentation, à la manière d’un essai.
- Vérifier que les conclusions sont valides.
- Améliorer les programmes / rendre les mauvaises décisions de conception plus évidentes.
- Utile pour reprendre les programmes ultérieurement.
- Transmettre et partager les connaissances sous des formes appropriées (tutoriels, manuels).
Un gain général en reproductibilité de la démarche et en ouverture des méthodes scientifiques.
Notebooks : Principes fondamentaux
Le Notebook est solution opérationnelle et adaptée pour arriver à ces fins.
Les notebooks du moment
Squelette d’un notebook (RMarkdown / Quarto)
Le YAML en quelques mots
Le YAML est paramétrable en fonction du format de sortie désiré (HTML, PDF, présentations, etc.).
Pour le document de base (Quarto Document au format HTML), il est par exemple possible de jouer sur:
- des paramétrages généraux (choisir un thème, définir une feuille de style css)
- la table des matières (toc)
- la numérotation des parties du document
- les typographies utilisées
- le choix des couleurs
- l’affichage des blocs de code
- l’exécution du code (afficher le code ou non, des messages d’erreur, etc.)
- le dimensionnement des figures et tables
- la gestion des urls
- le paramétrage de la bibliographie
- l’affichage des notes de bas de page
- les métadonnées associées au document…
Tout est présenté ici
---
title: "Articulation de différents environnements de développement de géo-visualisations. Atelier autour de Quarto : R, Pytho, et Observable JavaScript"
subtitle: "Atelier Sageo, Québec, Juin 2023"
author: "Timothée Giraud, Nicolas Lambert, Matthieu Viry, Ronan Ysebaert (UAR RIATE, CNRS, Université Paris Cité)"
format:
html:
theme: sandstone
fontsize: 0.9em
code-tools: true
code-fold: true
toc: true
toc-depth: 2
linkcolor: "#8631ad"
editor: visual
---Le markdown en quelques mots
h1, h2, h3 bold, italic import figure
Paramétrer ses chunks en qqes mots
Des sorties multiples
- Plusieurs formats de sorties : .HTML, .pdf, .doc
- Largement documentés : Manuels d’utilisations, forums, etc.
- Hautement paramétrable via le YAML et l’ajout éventuel de styles css.
Montrer le .qmd de la présentation
Idéalement, pas grand chose dans le YAML et montrer que ça rend bien.
Step by step (captures d’écran) initier un .qmd et le construire avec RStudio
[To do] : Initier un document Quarto
- Créer un modèle Quarto avec RStudio
- Jouer avec les métadonnées pour paramétrer le document (nom de l’auteur, ajout table des matières, etc.)